Le roman raconte l'histoire de deux hommes, Bouvard et Pécuchet, qui se rencontrent un jour dans un jardin public et éprouvent immédiatement l'un envers l'autre une sorte de coup de foudre amical. Ce qui les rapproche ? Ils ont eu tous deux la même idée : inscrire leur nom à l'intérieur de leur chapeau. Risible n'est-ce pas ? Oui, c'est ça. Et toute la vie des deux bonshommes est à l'aune de ce premier contact. Très vite ils s'installent dans une ferme, et se piquent d'agriculture, d'élevage, d'archéologie, et de tout un tas d'autres choses. A chaque fois c'est un fiasco.
Flaubert a réuni une documentation impressionnante sur divers sujets pour Bouvard et Pécuchet. Il avait songé à sous-titrer son roman "Encyclopédie de la bêtise humaine." Il n'épargne pas ses deux personnages, sommets de bêtise et de fatuité. C'est un roman drôle et plaisant.
Flaubert est mort avant d'avoir pu rn achever la rédaction mais le plan retrouvé dans ses notes est joint en fin d'ouvrage.